Hay varios sistemas que ayudan a crear la documentación ya sea en linea (web) o como una aplicación en tu compu (grafica o consola)

• https://www.gitbook.com
• https://github.com/

Para documentos en C

• http://www.stack.nl/~dimitri/doxygen/index.html
  • Como funciona en español

Para documentos en PHP

• https://github.com/ApiGen/ApiGen

En linea

• http://dillinger.io/